Το Ρέθυμνο είναι πρωτεύουσα του ομώνυμου νομού (περιφερειακής ενότητας) της Κρήτης και έδρα του μητροπολιτικού ομώνυμου Δήμου της περιφέρειας Κρήτης (πρόγραμμα Καλλικράτης). Από το 1999 έως το 2010 σύμφωνα με την τότε διοικητική διαίρεση της Ελλάδας ήταν έδρα του Δήμου Ρεθύμνης. Εμφανίζει μεγάλη τουριστική κίνηση κατά τη διάρκεια του καλοκαιριού, ενώ οι 10.500 και πλέον ενεργοί φοιτητές καθιστούν την πόλη ιδιαίτερα ζωντανή κατά την υπόλοιπη περίοδο του χρόνου. Ο πληθυσμός της πόλης ανέρχεται σε 34.300 κατοίκους (απογραφή 2011) και του δήμου σε 55.525 κατοίκους. Είναι η τρίτη μεγαλύτερη πόλη της Κρήτης μετά το Ηράκλειο και τα Χανιά.
Η σημερινή πόλη είναι χτισμένη στην ίδια θέση με την αρχαία Ρίθυμνα ή Ρήθυμνα ή Ριθυμνία. Μαρτυρίες για την ύπαρξη της πόλης υπάρχουν από τον 5ο-4ο αι. π.Χ. και είναι κυρίως τα αργυρά και χάλκινα νομίσματα, τα οποία έφεραν στη μια όψη την κεφαλή του Απόλλωνα ή της Αθηνάς, και στην άλλη τρίαινα ή δύο δελφίνια ή αίγα. Από την κοπή των νομισμάτων αυτών φαίνεται ότι η πόλη ήταν ανεπτυγμένη με αξιόλογο εμπόριο. Ίσως να είχε αναπτύξει σχέσεις με τους Πτολεμαίους, οι οποίοι την είχαν μετονομάσει σε Αρσινόη. Είναι περιορισμένες οι πληροφορίες που έχουμε στη διάθεσή μας για τη βυζαντινή περίοδο. Αξιόλογες μαρτυρίες δεν υπάρχουν μέχρι το 1204, οπότε οι Ενετοί αγόρασαν από τους Φράγκους κατακτητές του Βυζαντίου ολόκληρη την Κρήτη έναντι 10.000 αργυρών μάρκων. Τότε αρχίζει η περίοδος της Ενετοκρατίας, η οποία φτάνει μέχρι το 1669. Οι Ενετοί αρχικά εξεδίωξαν τους Γενουάτες του Ενρίκο Πεσκατόρε και εγκαταστάθηκαν στο νησί. Δεν έδωσαν εντούτοις ιδιαίτερη βαρύτητα στην ανάπτυξή του. Τους ενδιέφεραν περισσότερο οι κτήσεις τους στην ηπειρωτική Ελλάδα και στα Επτάνησα.
Το 1538 ο Χαϊρεντίν (Khair ad Din) Μπαρμπαρόσα (Κοκκινογένης) ναύαρχος του Οθωμανικού στόλου και κουρσάρος των ακτών της Αλγερίας (Μπαρμπαριάς), επιτέθηκε στο νησί. Οι Ενετοί αποφάσισαν να κατασκευάσουν ορισμένα οχυρωματικά έργα. Περιέβαλαν την πόλη με τείχος μήκους 1400 μ. (σήμερα ολοσχερώς κατεστραμμένο), αφήνοντας όμως την από θαλάσσης πλευρά εκτεθειμένη. Ήταν εύκολο έτσι για τον πειρατή Ολουτζ Αλή να την κατακτήσει, το 1562. Οι Ενετοί, διαπιστώνοντας το σφάλμα τους, αφού τον εξεδίωξαν, κατασκεύσαν το περίφημο κάστρο της Φορτέτζας, σωζόμενο σήμερα. Η Φορτέτζα αποτελεί το έμβλημα του Ρεθύμνου.
Ο 16ος αιώνας βρίσκει την πόλη σε μεγάλη πνευματική άνθηση. Πολλοί Ρεθυμνιώτες καλλιτέχνες και λόγιοι εργάζονται όχι μόνο στην Κρήτη αλλά και στην Βενετία. Σημαντικές προσωπικότητες είναι ο Μάρκος Μουσούρος (1470–1517), ο Εμμανουήλ Τζάνες Μπουνιαλής και ο αδελφός του Μαρίνος Τζάνες Μπουνιαλής, δημιουργός του έπους "Κρητικός Πόλεμος", ο Νικόλαος Βλαστός, ο Ζαχαρίας Καλλέργης (συνέταξε και τύπωσε ο ίδιος "Μέγα Ετυμολογικόν Λεξικόν"), ο ζωγράφος Εμμανουήλ Λαμβάρδος, ο Γεώργιος Χορτάτσης (Ερωφίλη, Γύπαρις, Πανώρια) κ. ά.
Η περίοδος αυτή της ακμής διακόπηκε απότομα, όταν το 1669 η Κρήτη κατακτήθηκε από τους Τούρκους, οι οποίοι οδήγησαν την πόλη σε μαρασμό. Οι κάτοικοί της σταδιακά άρχισαν να την εγκαταλείπουν, αλλά δεν έλειψαν και οι μικροεξεγέρσεις. Με την έκρηξη της Επανάστασης του 1821 στην ηπειρωτική Ελλάδα, η Κρήτη ξεσηκώθηκε. Οι Τούρκοι απάντησαν με σφαγές των αμάχων σε διάφορες πόλεις, με πρώτη αυτή στις Κυδωνίες Χανίων την 15 Μαΐου 1821. Παρακινημένοι από αυτό το επεισόδιο, οι Τούρκοι του Ρεθύμνου έκαναν το ίδιο. Μέσα στην πόλη έσφαξαν πάνω από εκατό άοπλους Έλληνες μεταξύ των οποίων τον Χ. Καλλέργη και τον Ιωάννη Δεληγεώργη. Λεηλάτησαν τα καταστήματα και τα εργαστήρια, αιχμαλώτισαν γυναίκες και παιδιά και φυλάκισαν τον επίσκοπο Ρεθύμνης Γεράσιμο Περδικάρη όπως και τους ηγουμένους των μοναστηριών, άλλους κληρικούς και λαϊκούς και τον ελληνοδιδάσκαλο Ιωάννη. Επί τρεις μέρες έτρεχαν και στα γύρω χωριά λεηλατώντας και σκοτώνοντας όσους δεν πρόλαβαν να κρυφτούν στα ορεινά. Μέχρι εξήντα άτομα σκοτώθηκαν στο χωριό Περιβόλια, κοντά στο Φρούριο, και πολλούς άλλους στα χωριά Μαγουλά και Μαρουλά, μεταξύ αυτών και τον ιερέα Γεώργιο. Ακόμα και δύο Τούρκοι σκοτώθηκαν μεταξύ τους στη διαμάχη για την κατοχή τριών νεαρών γυναικών. Στα χωριά γύρω από το Ρέθυμνο σκοτώθηκαν περί τους 500 Έλληνες. Τούρκος ονόματι Χατζαλάκης διακρίθηκε για την αγριότητά του σκοτώνοντας όποιον χριστιανό συναντούσε. Όσοι Έλληνες μπόρεσαν διασώθηκαν στα Σφακιά και στα γύρω όρη, ενώ οι Τούρκοι κλείστηκαν στο φρούριο του Ρεθύμνου. Χωρίς δυσκολία οι Τούρκοι κατέπνιξαν την επανάσταση στο νησί, καθώς οι Κρητικοί πολεμούσαν μόνοι κι αβοήθητοι. Χαρακτηριστικό είναι το επεισόδιο του σπηλαίου του Μελιδονιού, στο οποίο είχαν καταφύγει περίπου 370 άτομα (άνδρες και γυναικόπαιδα) που δεν ήθελαν να παραδοθούν: Οι Τούρκοι πέταξαν αναμμένα υλικά στην είσοδο του σπηλαίου, με αποτέλεσμα να βρουν το θάνατο από ασφυξία οι έγκλειστοι σ' αυτό (2 - 3 Οκτωβρίου 1823).
Το 1866 ξέσπασε νέα επανάσταση. Αυτή τη φορά οι Κρήτες πολέμησαν σε μεγάλο βαθμό αβοήθητοι και η επανάσταση κατεστάλη. Το πιο χαρακτηριστικό γεγονός αυτής της επανάστασης είναι το ολοκαύτωμα της Μονής Αρκαδίου (8 Νοεμβρίου 1866), ενός μοναστηριού 22 χλμ. ανατολικά του Ρεθύμνου.
Με την ανεξαρτητοποίηση της Κρήτης (1897) η πόλη άρχισε και πάλι να αναπτύσσεται. Κατασκευάστηκαν έργα υποδομής (δρόμοι, γέφυρες, διδακτήρια).
Η άφιξη και εγκατάσταση χιλιάδων Ελλήνων Μικρασιατών προσφύγων, άνω των 6000 στο Ρέθυμνο και στα περίχωρά του, πραγματοποιήθηκε στο διάστημα 1922-1925, μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή και την Ανταλλαγή πληθυσμών. Παρ’ όλες τις δυσκολίες της εποχής, η ένταξη των προσφύγων έγινε αρκετά ομαλά και αρμονικά και πλέον το ένα τρίτο του πληθυσμού του Ρεθύμνου έχει μικρασιατικές ρίζες.
Η ανάπτυξη σε πολιτιστικό και οικονομικό επίπεδο έλαβε σημαντική ώθηση με την εγκατάσταση των Μικρασιατών, ανακόπηκε όμως με τη Μάχη της Κρήτης στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, κατά την οποία η πόλη υπέστη αρκετές καταστροφές. Διασώθηκε, ωστόσο, σημαντικό μέρος της (ενετικής) παλιάς πόλης, η οποία είναι μέχρι σήμερα μια από τις καλύτερα διασωζόμενες ενετικές πόλεις στην Ελλάδα.
Μετά την απελευθέρωση η πόλη άρχισε να αναπτύσσεται εκ νέου τόσο οικιστικά όσο και πνευματικά. Σημαντική ώθηση της προσέδωσε η εγκατάσταση της Φιλοσοφικής Σχολής και της Σχολής Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης (περίπου 10.500 φοιτητές) και η δημιουργία της Πανεπιστημιακής Βιβλιοθήκης που λειτουργεί σήμερα στην πανεπιστημιούπολη στον οικισμό Γάλλου.
Σήμερα το Ρέθυμνο είναι η τρίτη μεγαλύτερη πόλη της Κρήτης με πληθυσμό περίπου 34.300 κατοίκων (απογραφή 2011). Η οικονομία της στηρίζεται στον τουρισμό, καθόσον υπάρχουν πολλά αξιοθέατα, μεγάλη αμμώδης παραλία και ισχυρή ξενοδοχειακή υποδομή. Συγκοινωνιακά η πόλη εξυπηρετείται οδικά με σύνδεση με το Ηράκλειο και τα Χανιά μέσω του Εθνικού δρόμου Ε 75, ενώ έχει και επαρχιακό σχετικά καλό οδικό δίκτυο, με το οποίο συνδέεται με όλες τις περιοχές του Νομού. Διαθέτει, επίσης, νέο, σύγχρονο λιμένα. Δεν έχει αεροδρόμιο, καθώς το αεροδρόμιο Πηγής δεν συνέχισε τη λειτουργία του μετά τη Γερμανική κατοχή.
Στο Ρέθυμνο συνυπάρχουν μνημεία της ενετικής και της οθωμανικής περιόδου.
Η Φορτέτζα είναι το ενετικό οχυρό της πόλης, έργο του 16ου αιώνα, το οποίο στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε από τους Οθωμανούς. Το Οχυρό της Πύλης Φορτέτζας, γνωστό ως Ριβελίνο είναι πενταγωνικό οχύρωμα στην ανατολική πύλη και χτίστηκε από τους Οθωμανούς μετά την κατάληψη της πόλης . Υπολείμματα των οχυρωματικών έργων είναι η Μεγάλη Πόρτα-Porta Guora της οποία ελάχιστα μέρη διατηρούνται μέχρι σήμερα (βρίσκεται στην αρχή της οδού Αντιστάσεως) . Άλλα μνημεία είναι (η κρήνη Rimondi, ο Άγιος Φραγκίσκος, η Εκκλησία της Santa Maria -το σημερινό Ωδείο (Τέμενος Νερατζέ), η Μονή της Αγίας Βαρβάρας-Τζαμί Καρά Μουσά Πασά, η Loggia -Λέσχη Ενετών αξιωματικών- του Ρεθύμνου, η Εκκλησία της Μαρίας Μαγδαληνής - "Η Μικρή Παναγία"), καθώς και πολλά ιδιωτικά κτίρια, ιδίως θυρώματα, που αξίζουν την προσοχή του επισκέπτη της πόλης.
Η Φορτέτζα είναι ενετικό φρούριο το οποίο χρονολογείται από το 1573. Χτίστηκε σύμφωνα με το ενετικό σύστημα οχυρωματικής αρχιτεκτονικής. και κυρίως η Φορτέτζα
Χαρακτηριστικό της κατασκευής είναι ότι οι προμαχώνες ενώνονται μεταξύ τους με τμήματα ευθυγράμμων τειχών, με μεγάλο πλάτος και με κλίση εξωτερικά, για να εξοστρακίζονται τα εχθρικά βλήματα. Θεμελιωτής του Φρουρίου είναι ο Ρέκτορας Αλβίζε Λάντο. Η θεμελίωσή του έγινε στις 13 Σεπτεμβρίου 1573 και οι εργασίες στον περίβολο αλλά και στα δημόσια κτίρια που υπήρχαν μέσα σ' αυτόν ολοκληρώθηκαν το 1580. Η κατασκευή του έγινε σύμφωνα με τα σχέδια του αρχιτέκτονα Σφόρτσα Παλαβιτσίνι, που κατά τη διάρκεια της κατασκευής έκανε κάποιες βελτιωτικές αλλαγές. Για την ανοικοδόμησή του δούλεψαν υποχρεωτικά 107.142 Κρητικοί, ενώ χρησιμοποιήθηκαν και 40.205 επιταγμένα ζώα.
